일반적으로 결손금 소급공제는 「조세특례제한법 시행령」 제2조에 따른 중소기업에 해당하는 법인에게 적용됩니다. 따라서 중소기업에 해당하지 않는 법인은 원칙적으로 결손금 소급공제를 통한 법인세 환급을 받을 수 없습니다.
다만, 법인이 사업연도 중에 중소기업에 해당하는 업종을 폐업하더라도, 수입금액 기준 등으로 중소기업에 해당하면 그 폐업일이 속하는 사업연도에 발생한 결손금에 대해 결손금 소급공제에 의한 환급 신청이 가능할 수 있습니다. 또한, 결손금 소급공제에 의한 환급 후 경정 등으로 결손금이 감소하거나, 중소기업에 해당하지 않는 법인이 환급받은 경우에는 환급세액에 이자 상당액을 가산하여 징수될 수 있습니다.
결손금 소급공제는 일반적으로 다음 과세연도의 소득에서 공제하는 이월공제 방식보다 납세자에게 유리할 수 있으나, 직전 연도에 세액공제나 감면이 있는 경우에는 오히려 불리할 수도 있습니다. 따라서 소급공제 신청 전 직전 연도의 세액공제 및 감면세액을 고려하여 이월공제와 비교 후 유리한 방식을 선택하는 것이 중요합니다.