연결납세제도의 도입 취지는 경제적 실질에 따라 모회사와 자회사를 하나의 과세단위로 간주하여 소득을 통산함으로써, 조직 형태와 관계없이 세 부담을 동일하게 유지하여 조세의 중립성을 보장하고 수평적 공평성을 제고하는 데 있습니다.
이 제도는 2008년 법인세법 개정 시 도입되어 2010년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도부터 적용되었습니다. 연결납세제도가 성공적으로 정착하기 위해서는 다음과 같은 개정 방안이 제시되었습니다:
재고자산 내부거래 과세이연 포함: 현행 규정상 재고자산이 과세이연 대상에서 제외되어 있으나, 연결납세제도의 취지에 비추어 볼 때 포함하는 것이 타당합니다. 다만, 부담을 줄이기 위해 일정 금액 이상의 재고자산 거래와 관련된 양도손익만을 과세이연하는 방안도 고려할 수 있습니다.
중소기업 세제 혜택 유지: 연결납세제도 채택 전 개별납세제도 하에서 중소기업에 해당했던 경우, 연결납세제도 채택 후에도 중소기업으로 간주하여 동일한 세제상 혜택을 받을 수 있도록 해야 합니다.
소급공제 허용: 연결납세제도에서도 소급공제가 가능하도록 하되, 한도는 연결집단의 결손금 중 해당 법인에게 귀속되는 금액으로 규정할 필요가 있습니다.
수입배당금 이중과세 조정: 개별납세제도와 마찬가지로 수입배당금이 100% 이중과세가 조정되도록, 보유지분율이 100%인 법인도 지급이자 익금불산입의 적용을 받을 수 있도록 해야 합니다.