매입세액공제 대상에서 제외되는 경우, 해당 부가가치세액은 자산이나 비용에 가산하여 회계처리하는 것이 일반적입니다. 즉, 별도의 '부가세 대급금' 계정으로 처리하지 않고, 해당 자산의 취득원가에 포함하거나 비용으로 처리합니다.
예를 들어, 사업과 직접 관련 없는 지출로 인해 발생한 매입세액은 해당 지출 비용에 가산하며, 감가상각 대상 자산과 관련된 불공제 매입세액은 해당 자산의 취득가액에 포함하여 감가상각을 통해 비용으로 인식합니다.
이는 부가가치세법상 불공제되는 매입세액은 법인세법이나 소득세법에서 손금(필요경비)으로 인정되지 않기 때문입니다. 다만, 세금계산서 미수취 등 의무 위반으로 인한 불공제 매입세액을 제외하고는 손금으로 인정될 수 있습니다.