세무서에서 회사로의 환급 시기는 신고 내용 및 환급 종류에 따라 다릅니다.
일반적인 환급:
- 각 과세기간별로 확정신고를 한 사업자의 경우, 확정신고기한이 지난 후 30일 이내에 환급됩니다. 예정신고 시 환급세액이 발생하더라도 즉시 환급되지 않고, 확정신고 시 납부할 세액에서 차감됩니다.
결정·경정으로 인한 추가 환급:
- 세무서의 결정이나 경정으로 인해 추가로 발생한 환급세액은 지체 없이 사업자에게 환급됩니다.
조기환급:
- 영세율 적용, 사업 설비 신설·취득·확장·증축 등 시설 투자, 또는 재무구조개선계획 이행 중인 사업자의 경우, 환급을 신고하면 신고기한이 지난 후 15일 이내에 환급받을 수 있습니다.
- 조기환급세액은 영세율 적용분, 시설 투자 관련분, 국내 공급분 매입세액 등을 구분하지 않고 사업장별로 매출세액에서 매입세액을 공제하여 계산합니다.
참고: 부가가치세 환급금이 법인세에 충당되었으나, 이후 법인세가 감액 경정되어 환급금이 발생한 경우, 해당 환급금은 기존 체납 국세 등에 우선 충당될 수 있다는 판례가 있습니다. 이는 환급금 채권의 성격과 국세 충당의 우선순위에 관한 법리 해석에 따른 것입니다.