네, 국립대학교와 국립대학병원이 별도의 법인으로 운영되는 경우, 전기세 대리 결제 시 세금계산서 발행 의무가 발생할 수 있습니다.
일반적으로 전기사업자(한국전력)로부터 전기요금 고지 대상 명의자가 세금계산서를 교부받은 경우, 실제로 전력을 소비하는 다른 사업자에게 해당 공급가액 범위 내에서 세금계산서를 발급할 수 있습니다. 이는 부가가치세법 시행령 제69조에 근거하며, 전력을 공급받는 명의자와 실제 소비자가 다른 경우에 적용됩니다.
따라서 국립대학교 또는 국립대학병원이 전기요금 납부 명의자로서 한국전력으로부터 세금계산서를 발급받고, 이를 별도의 법인인 상대방에게 대리 결제해주는 경우, 해당 명의자는 실제 전력을 소비하는 별도 법인에게 세금계산서를 발급해야 합니다. 이 경우, 학교나 병원의 사업자등록번호 또는 고유번호를 기재하여 세금계산서를 교부해야 합니다.
다만, 세금계산서 발급 의무 면제 대상에 해당하는지 여부는 구체적인 사실관계에 따라 달라질 수 있으므로, 관련 법령 및 전문가의 검토를 받는 것이 좋습니다.