비영리법인이 고유목적사업으로 장학금을 지급하는 경우, 해당 장학금은 원천징수 대상이 아닙니다.
다만, 비영리법인의 수익사업에서 발생한 이자 소득 등은 과세 대상이 될 수 있습니다. 이러한 이자 소득에 대해서는 원천징수로 납세 의무를 종결하거나, 다른 과세 소득에 합산하여 법인세를 신고 및 납부할 수 있습니다. 만약 이자 소득에 대해 원천징수된 세액이 납부할 세액보다 많을 경우, 초과된 금액은 환급받을 수 있습니다.
또한, 비영리법인이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우, 금융기관 이자 소득 등 수익사업소득 금액의 손금산입 한도 내에서 손금에 산입할 수 있습니다.