실물 거래가 있었음에도 불구하고 '사실과 다른 세금계산서'로 판정되어 매입세액 공제가 거부된 경우, 해당 금액은 소득세 계산 시 필요경비로 인정받지 못하여 소득이 증가하게 됩니다. 이는 결과적으로 추가적인 소득세 납부로 이어질 수 있습니다.
귀하의 경우, 2016년 물류대행업체의 조세포탈 혐의 고발 건과 관련하여 세무 당국이 해당 세금계산서를 '사실과 다른 세금계산서'로 판단한 것으로 보입니다. 비록 실물 거래에 대한 오더 내역 엑셀 파일과 이체 내역을 제출하셨음에도 불구하고 매입세액 공제가 불인정되었다면, 해당 금액만큼 소득이 증가하여 소득세가 과세될 수 있습니다.
또한, '사실과 다른 세금계산서' 수취로 인한 가산세가 부과될 수 있으며, 이 가산세 역시 소득세 계산 시 필요경비로 인정되지 않아 소득을 더욱 증가시키는 요인이 될 수 있습니다. 다만, 구체적인 소득세 영향은 해당 세금계산서의 공급가액, 납세자의 인식 여부, 그리고 관련 법규 적용에 따라 달라질 수 있습니다. 정확한 내용은 세무 전문가와 상담하여 검토하시는 것이 좋습니다.