면세사업자라고 해서 종합소득세만 신고하면 되는 것은 아닙니다. 면세사업자는 부가가치세 납세 의무는 면제되지만, 소득이 있다면 일반 과세사업자와 마찬가지로 종합소득세를 신고하고 납부해야 합니다.
면세사업자의 세무 신고는 크게 두 단계로 진행됩니다.
또한, 면세사업자도 소득세법에 따라 장부를 비치하고 기록해야 할 의무가 있습니다. 직전 과세기간 수입금액이 일정 기준 이상인 경우 복식부기 의무가 있으며, 기준 미만인 경우 간편장부 대상자가 됩니다. 장부를 기록하지 않으면 추계신고를 해야 하며, 이 경우 단순경비율 또는 기준경비율이 적용됩니다. 전문직 사업자는 단순경비율 적용이 불가합니다.
신고 의무를 이행하지 않을 경우 무신고 가산세, 과소신고 가산세, 납부지연 가산세, 장부 기록·보관 불성실 가산세 등이 부과될 수 있습니다. 특히 사업장현황신고 불성실 가산세는 의료업, 수의업, 약사업 등 일부 업종에 수입금액의 0.5%가 부과될 수 있습니다.