민법상 조합이 법인으로 인정받지 못할 경우, 법인세법이 아닌 소득세법이 적용되어 조합원 개개인이 사업소득에 대한 세금을 납부해야 하는 불이익이 있습니다.
법인으로 인정받는 단체는 국세기본법 제13조에 따라 법인세법을 적용받아 법인세 납세 의무를 지지만, 민법상 조합은 법인으로 의제되지 않아 법인세법의 적용을 받지 못합니다. 이 경우 조합의 소득은 조합원에게 귀속되는 것으로 보아 각 조합원이 종합소득세 신고 시 사업소득으로 포함하여 납부해야 합니다.
또한, 법인으로 인정받지 못하면 법인격이 없으므로 조합 명의로 재산을 소유하거나 계약을 체결하는 데 제약이 있을 수 있습니다. 조합의 해산 시 잔여재산 분배 과정에서 의제배당이 발생할 경우, 이는 조합원의 배당소득으로 과세될 수 있습니다.