개인사업자가 법인으로 사업을 포괄적으로 양도·양수하는 경우, 일반적으로 부가가치세 환급 여부와 관계없이 사업의 양도에 해당하여 부가가치세가 과세되지 않습니다. 즉, 개인사업자가 사업용 고정자산에 대해 부가가치세를 환급받았더라도, 이를 법인에 포괄적으로 양도하는 경우 별도의 부가가치세 문제가 발생하지 않습니다.
다만, 이는 사업의 전체를 포괄적으로 양도하는 경우에 해당하며, 일부 자산만 양도하거나 사업의 동일성이 유지되지 않는 경우에는 사업 양도로 보지 않을 수 있습니다. 또한, 기계장치 등의 경우 사업양수도 방법에 의해서만 부가가치세가 과세되지 않는 점 유의해야 합니다.