통합고용세액공제 추징세액 발생 시, 이월공제액과의 상계는 추징세액을 먼저 납부하는 것이 아니라, 추징세액에서 이월공제액을 먼저 차감한 후 잔액을 납부하는 방식으로 이루어집니다.
조세특례제한법 제29조의8 제2항에 따라, 고용 유지 요건을 위반하여 추징세액을 계산할 때 '공제받은 세액 상당액'에서 '이월된 미공제 금액'을 차감하도록 명시되어 있습니다. 이는 납세자의 세액 부담을 완화하고 이월공제 제도의 취지를 살리기 위한 절차입니다.
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