외교관 면세 대상 금액이 포함된 세금계산서를 과세로 잘못 발급한 경우, 기존 세금계산서를 수정하여 발급해야 합니다. 외교관 면세 금액만큼 별도의 세금계산서를 발행하는 것이 아니라, 당초 발급한 세금계산서 전체를 취소하고 면세 금액을 제외한 정확한 금액으로 다시 발급하는 절차를 거쳐야 합니다.
부가가치세법상 세금계산서의 기재사항에 착오가 있는 경우, 이를 정정하기 위해 수정세금계산서를 발급할 수 있습니다. 면세 대상인 외교관 거래를 과세로 잘못 발급한 것은 '필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우'에 해당합니다. 이 경우 당초 발급한 세금계산서를 취소하는 음(-)의 세금계산서와 올바른 금액으로 다시 작성하는 정(+)의 세금계산서를 각각 발급하여 거래 사실을 바로잡아야 합니다. 적법하게 수정세금계산서를 발급하면 세금계산서 미발급이나 지연발급에 따른 가산세는 부과되지 않습니다.