경정청구를 통해 환급받는 세액은 관할 세무서장이 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정하여 통지하며, 환급 결정이 완료되면 통상적으로 그 이후 지급 절차가 진행됩니다.
국세기본법에 따라 세무서장은 경정청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정·경정하거나, 경정할 이유가 없다는 뜻을 청구인에게 통지해야 합니다. 환급금이 발생할 경우, 세무서장은 이를 해당 연도의 세입금 중에서 납세자에게 지급하도록 한국은행에 통지하며, 한국은행은 환급에 필요한 절차를 밟아 납세자에게 지급합니다. 이때 국가가 정당한 이유 없이 보유한 세액에 대해 이자 성격의 국세환급가산금을 더하여 지급하게 됩니다.