국세환급금 충당 시 우선순위는 체납된 국세 및 강제징수비에 우선 충당하는 것을 원칙으로 하되, 납세자의 동의나 신청이 있는 경우 납부고지에 따라 납부하는 국세에 우선 충당할 수 있습니다.
국세기본법에 따라 세무서장은 국세환급금 결정액을 체납된 국세 및 강제징수비에 충당해야 할 의무가 있습니다. 이는 국가의 조세채권 확보와 납세자의 체납 해소를 동시에 도모하기 위함입니다. 다만, 납세자의 자금 사정이나 납부 의사를 존중하여 납부고지에 의한 국세나 자진납부하는 국세에 충당할 수 있는 예외적 경로를 마련해 두고 있습니다.