의약품 판매와 조제용역을 함께 할 경우 매입세액 공제는 어떻게 되나요?

약국에서 의약품 판매(과세사업)와 조제용역(면세사업)을 겸영하는 경우, 매입세액은 실지귀속에 따라 구분하며 귀속이 불분명한 공통매입세액은 안분계산하여 공제 여부를 결정합니다.

한눈에 보기

• 실지귀속 원칙: 매입세액은 발생 건별로 과세사업과 면세사업 중 어디에 직접 사용되는지 먼저 구분합니다. 과세사업 관련 매입세액은 전액 공제하고, 면세사업 관련 매입세액은 전액 불공제합니다.
• 공통매입세액 안분: 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분하여 면세사업 관련분을 불공제합니다.

왜 그런가요?

부가가치세법상 약사의 조제용역은 면세 대상이나, 일반 의약품 판매는 과세 대상입니다. 겸영 사업자는 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 재화나 용역을 구입할 때, 그 매입세액을 과세사업 매출세액에서 공제할지 여부를 결정하기 위해 안분계산 규정을 적용해야 합니다.

지금 해야 할 일

1. 매입세액 구분: 매입한 재화나 용역이 과세 의약품 판매용인지, 면세 조제용인지 실지귀속을 먼저 확인하세요.
2. 안분계산 적용: 실지귀속이 불분명한 공통매입세액은 아래 산식에 따라 계산합니다.
   • 불공제 매입세액 = 공통매입세액 × (면세공급가액 / 총공급가액)
3. 정산 및 재계산: 예정신고 시 안분계산한 경우 확정신고 시 정산하며, 감가상각자산의 경우 면세비율 변동에 따라 납부세액을 재계산해야 할 수 있습니다.

주의할 점

• 국고보조금 포함: 안분계산 시 면세공급가액에는 면세사업과 관련하여 받은 국고보조금 등 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는 금액도 합산해야 합니다.
• 안분 생략: 해당 과세기간의 면세공급가액 비율이 5% 미만이고 공통매입세액이 500만원 미만인 경우 등 일정 요건을 충족하면 안분계산을 생략하고 전액 공제할 수 있습니다.