프리랜서 계약 시 3.3%를 원천징수하는 이유는 소득을 지급하는 자가 소득자의 세금을 미리 떼어 국가에 대신 납부함으로써, 소득자가 다음 해 5월 종합소득세 신고 시 세금 부담을 분산하고 성실한 납세를 유도하기 위한 제도적 장치입니다.
원천징수는 소득을 지급하는 사업자가 소득자 대신 세금을 징수하여 납부하는 제도입니다. 프리랜서와 같은 인적용역 사업소득자는 고용관계 없이 독립된 자격으로 용역을 제공하므로, 소득을 지급하는 사업자가 소득세법에 따라 지급액의 3%를 원천징수할 의무가 있습니다. 여기에 소득세의 10%에 해당하는 지방소득세 0.3%가 더해져 총 3.3%를 공제하게 됩니다.
이 금액은 소득자가 내야 할 세금을 미리 떼어둔 것이므로, 5월 종합소득세 신고 시 실제 발생한 수입에서 필요경비를 차감하고 각종 공제를 적용하여 계산한 최종 세액에서 이미 납부한 3.3%를 차감합니다. 만약 계산된 최종 세액이 3.3%보다 적으면 차액을 환급받고, 더 많으면 추가로 납부하게 됩니다.
"3.3%를 떼었으니 세금 문제가 끝났다"고 오해하는 경우가 많으나, 이는 정산 전 단계일 뿐입니다. 소득이 2곳 이상이거나 프리랜서 소득이 있는 경우 종합소득세 신고 여부가 매우 중요하며, 신고하지 않을 경우 가산세 등의 불이익이 발생할 수 있습니다.