중도 퇴직 시 연말정산은 퇴직하는 달의 급여를 지급하는 원천징수의무자(회사)가 진행하는 것이 원칙입니다. 퇴직 시점에 연말정산을 완료하지 못한 경우에는 근로자가 직접 다음 해 5월 종합소득세 확정신고를 통해 정산해야 합니다.
소득세법에 따라 원천징수의무자는 근로자가 중도 퇴직하는 경우 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때 연말정산을 실시해야 합니다. 다만, 퇴직 시점에 소득·세액공제 증명서류 등을 제출하지 않아 회사가 연말정산을 완료하지 못한 경우에는 근로자가 직접 종합소득세 신고를 통해 공제받지 못한 항목을 반영하여 세액을 정산할 수 있습니다.