국가기관이 수익사업을 영위하여 매출이 발생하는 경우, 해당 수익사업과 관련된 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세 납세의무가 발생하며 일반 사업자와 동일하게 부가가치세를 신고·납부해야 합니다.
국가기관이라 하더라도 부가가치세법상 '사업자'의 정의에 따라 영리 여부와 관계없이 사업상 독립적으로 과세 재화나 용역을 공급한다면 납세의무자가 됩니다. 따라서 수익사업에서 발생하는 매출에 대해 부가가치세를 거래징수하고 신고·납부해야 하며, 해당 사업과 직접 관련된 매입세액은 공제받을 수 있습니다.
국가기관의 모든 활동이 과세되는 것은 아닙니다. 고유 업무와 수익사업이 혼재된 경우, 해당 거래가 부가가치세법상 과세대상인지 면세대상인지에 대한 명확한 구분이 필요합니다. 특히 국고보조금을 재원으로 하는 사업의 경우, 해당 사업이 국가의 명의와 계산으로 수행되는지 아니면 사업자의 책임과 계산으로 수행되는지에 따라 납세의무 여부가 달라질 수 있으므로 주의가 필요합니다.