폐수배출부담금은 법령상 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금에 해당하여 법인세법상 손금으로 인정되지 않습니다.
법인세법에서는 법인의 순자산을 감소시키는 비용이라 하더라도, 조세정책적 목적이나 법령 위반에 대한 제재 성격이 있는 경우 손금으로 인정하지 않습니다. 특히 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금은 손금불산입 대상임을 명시하고 있습니다. 폐수배출부담금은 이러한 제재적 성격의 공과금으로 보아 세법상 비용으로 인정하지 않는 것이 원칙입니다.