부가가치세법 제42조(면세농산물등 의제매입세액 공제특례)가 의제매입세액 공제제도의 핵심 법적 근거입니다. 이 조항에 따라 사업자가 부가가치세가 면제되는 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조·가공한 재화나 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우, 일정 금액을 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제할 수 있습니다.
부가가치세는 원칙적으로 매입 시 부담한 부가가치세액을 공제하는 것이지만, 면세 농산물 등은 구입 시 부담한 부가가치세가 없습니다. 따라서 면세 원재료를 사용하여 과세 재화나 용역을 공급하는 사업자의 세 부담을 완화하기 위해, 구입가액의 일정 비율을 매입세액으로 의제(간주)하여 공제해 주는 특례를 두고 있습니다.