조세특례제한법상 세액감면과 세액공제가 동시에 적용되는 경우, 일반적으로 세액감면을 먼저 적용한 후 세액공제를 적용하며, 이월된 세액공제액이 있는 경우에는 당해 연도 발생분보다 먼저 공제합니다.
법인세법 및 소득세법에 따라 세액감면과 세액공제가 동시에 적용될 때의 적용 순위는 법령에 명시되어 있습니다. 특히 이월공제가 가능한 세액공제의 경우, 해당 과세연도에 발생한 공제액과 과거로부터 이월된 미공제액이 함께 있다면 이월된 금액을 먼저 공제하도록 하여 공제 혜택이 소멸하지 않도록 보호하고 있습니다.
또한, 조세특례제한법상 최저한세 제도가 적용되는 경우에는 최저한세 대상인 감면·공제 항목을 먼저 적용하여 세액을 계산합니다. 만약 최저한세 적용으로 인해 공제받지 못한 세액이 발생한다면, 해당 금액은 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도로 이월하여 공제할 수 있습니다.