손금추인과 관련하여 대법원은 납세의무자가 손금으로 계상하였어야 할 금액을 제때 손금에 산입하지 않아 과세표준이 증가한 경우, 이를 '과세표준이 되지 아니하는 금액'으로 보아 과소신고가산세 산정 시 공제해야 한다는 취지의 판결을 내린 바 있습니다.
대법원 2013. 11. 28. 선고 2013두12645 판결은 손금추인과 가산세의 관계를 명확히 한 대표적인 사례입니다. 이 판결에서 대법원은 다음과 같이 판시하였습니다.
손금추인은 세무조정 과정에서 전기에 손금불산입(유보)되었던 금액이 당기에 손금으로 인정되는 절차입니다. 위 판례는 이러한 손금추인액이 가산세 계산 시 어떻게 반영되어야 하는지에 대한 법리를 제시하고 있으므로, 구체적인 세무 신고 시에는 해당 사업연도의 귀속 시기와 손금산입 요건을 면밀히 검토해야 합니다.