의제매입세액 공제 후 면세사업 등에 전용하거나 그대로 양도하는 등 공제 사유가 소멸한 경우, 해당 사유가 발생한 날이 속하는 예정신고기간 또는 확정신고기간에 공제받은 의제매입세액을 납부세액에 가산하여 신고·납부해야 합니다.
부가가치세법상 의제매입세액은 면세농산물 등을 원재료로 하여 과세되는 재화나 용역을 공급할 것을 전제로 공제해 주는 제도입니다. 따라서 공제받은 면세농산물 등을 그대로 양도하거나, 면세사업에 사용하거나, 그 밖의 목적으로 소비하는 등 당초 공제 취지에 맞지 않게 사용되는 경우에는 이미 공제받은 금액만큼을 다시 납부세액에 더하여 정산해야 합니다. 이는 예정신고기간과 확정신고기간 모두에 적용되는 원칙입니다.