벤처기업 주식매수선택권(스톡옵션) 행사이익 납부 특례를 적용받으면, 행사 시점에 소득세를 원천징수하지 않고 종합소득세 확정신고 시 행사이익에 대한 소득세의 5분의 4(분할납부세액)를 제외한 나머지 금액을 먼저 납부한 뒤, 이후 4년간 분할납부세액의 4분의 1씩을 나누어 납부하게 됩니다.
벤처기업 임직원이 주식매수선택권을 행사하여 얻은 이익은 원칙적으로 근로소득 등에 해당하여 행사 시점에 원천징수 대상이 됩니다. 그러나 벤처기업의 우수 인재 유치를 지원하기 위해 조세특례제한법 제16조의3에 따라 납부 특례를 신청하면, 행사 시점의 세금 부담을 완화하기 위해 세액의 일부를 향후 4년간 나누어 낼 수 있도록 허용하고 있습니다.