부가가치세법상 부동산 임대용역의 공급시기는 대가의 각 부분을 받기로 한 때 또는 예정신고기간·과세기간의 종료일이므로, 계약과 무관하게 법정 발급 기한을 넘겨 분기별로 세금계산서를 발행하면 지연발급 가산세가 부과됩니다.
부가가치세법 시행령 제29조에 따라 부동산 임대용역을 계속적으로 공급하는 경우, 대가를 받기로 한 때가 공급시기가 됩니다. 세법상 허용되는 '월 합계 세금계산서' 제도는 매월 1일부터 말일까지의 공급가액을 합산하여 다음 달 10일까지 발급하는 방식입니다.
질문하신 '분기별 발행'은 이 범위를 벗어납니다. 분기 단위로 합산하여 발행할 경우, 첫 번째 달과 두 번째 달의 공급분에 대해서는 이미 법정 발급 기한이 경과한 것으로 보아 가산세 대상이 됩니다. 당사자 간의 계약은 사법상 효력이 있을지라도 세법상 가산세 면제 사유가 되지 않으며, 세법은 법령의 발급 시기 규정을 우선하여 적용합니다.