비영리단체가 다른 비영리단체에게 부동산을 임대하고 그 임대료로 다른 곳에서 비영리단체를 운영할 경우 부가가치세 과세 여부는 어떻게 되나요?

비영리단체가 다른 비영리단체에게 부동산을 임대하고 받는 임대료는 고유목적사업 운영 여부와 관계없이 부가가치세 과세 대상입니다. 부가가치세법상 사업자는 영리 여부와 관계없이 사업상 독립적으로 재화나 용역을 공급하는 자를 의미하며, 부동산 임대업은 계속적·반복적으로 수익이 발생하는 수익사업으로 보아 부가가치세가 과세됩니다.

왜 그런가요?

비영리법인이라 하더라도 부동산 임대업은 부가가치세법상 과세 대상인 수익사업에 해당합니다. 임대료 수입에 대해 10%의 부가가치세를 거래징수하여 신고·납부해야 하며, 임대업을 위해 지출한 비용에 대해서는 적격증빙을 수취한 경우 매입세액 공제를 받을 수 있습니다. 다만, 지정문화재를 소유하거나 관리하는 종교단체가 경내지 및 그 안의 건물 등을 임대하는 등 법령에서 정한 극히 예외적인 경우에만 면세가 적용됩니다.

지금 해야 할 일

1. 사업자등록 및 수익사업 개시신고: 부동산 임대업을 시작하는 경우 관할 세무서에 사업자등록을 하거나 고유번호증을 사업자등록증으로 정정하고, 수익사업 개시일부터 2개월 이내에 '수익사업 개시신고'를 해야 합니다.
2. 구분경리: 수익사업(임대업)과 고유목적사업(비영리 운영)의 자산·부채 및 손익을 별도로 구분하여 회계 처리해야 합니다.
3. 매입세액 공제 및 안분: 임대업 관련 매입세액은 공제 가능하나, 고유목적사업과 공통으로 사용되는 비용은 총공급가액 대비 면세공급가액 비율에 따라 안분 계산해야 합니다.
4. 적격증빙 수취: 매입세액 공제를 위해서는 세금계산서, 신용카드매출전표 등 적격증빙을 반드시 수취하여 보관해야 합니다.