도로점용료와 같이 공급가액이 확정되지 않은 상태에서 대가를 먼저 지급하는 경우, 납부 시점에 세금계산서를 선발급하고 추후 금액이 확정되었을 때 수정세금계산서를 발급하는 방식은 부가가치세법상 적법한 처리 절차입니다.
납부 시점의 선발급 재화나 용역의 공급시기가 도래하기 전이라도 대가의 전부 또는 일부를 받고 세금계산서를 발급하는 경우, 그 발급 시점을 공급시기로 보아 세금계산서를 발급할 수 있습니다. 따라서 도로점용료 납부 시점에 해당 금액으로 세금계산서를 우선 발급하십시오.
확정 시점의 수정세금계산서 발급 추후 확정된 금액과 당초 발급한 금액에 차이가 발생하면 '공급가액 변동' 사유로 수정세금계산서를 발급해야 합니다. 이때 신규 세금계산서를 발행하는 것이 아니라, 반드시 기존 세금계산서에 대한 수정세금계산서(정(+) 또는 음(-)의 세금계산서)를 발급해야 함에 유의하시기 바랍니다.
실무적으로는 금액이 확정된 후 한 번에 발급하는 것이 가장 정확하나, 대금 지급 증빙이 즉시 필요한 상황이라면 위와 같이 선발급 후 수정 발급하는 방식을 활용하시기 바랍니다.