납부지연가산세는 단순히 적게 낸 금액(과소납부분 세액)에 대해서만 부과되는 것이 아니라, 적게 낸 세액에 미납 기간과 이자율을 곱한 금액을 합산하여 부과됩니다.
가산세는 크게 두 가지 성격의 금액을 합하여 계산합니다.
따라서 단순히 '적게 낸 금액'만 내는 것이 아니라, 그 금액이 늦게 납부됨에 따라 발생하는 지연 이자 성격의 금액과 체납 제재 금액이 더해져 최종 가산세가 결정됩니다. 만약 부정행위가 있었다면 과소신고가산세(일반적으로 과소신고세액의 10% 또는 부정행위 시 40%)가 별도로 부과될 수 있으므로, 실제 부담하는 총액은 단순히 적게 낸 세액보다 커지게 됩니다.