하도급대금 직불합의가 이루어지더라도 세금계산서 발행 주체는 변경되지 않으며, 재화 또는 용역을 실제로 공급한 하도급업체가 공급을 받은 원도급업체에게 세금계산서를 발행해야 합니다.
발주자가 하도급업체에게 대금을 직접 지급하는 것은 대금 지급 방식의 변경일 뿐, 세금계산서 발행의 법적 주체나 거래 관계를 변경하는 것은 아닙니다. 따라서 하도급업체가 발주자에게 직접 세금계산서를 발행하거나, 원도급업체와의 계약 금액과 다르게 발행하는 경우 사실과 다른 세금계산서로 간주되어 매입세액 불공제 및 가산세 부과 등의 불이익을 받을 수 있습니다.
직불합의 시 원도급업체는 발주자로부터 직접 지급받은 금액만큼을 하도급업체에 대한 미지급금과 상계 처리하여 회계에 반영해야 하며, 이를 위해 직불합의서, 하도급계약서, 발주자의 대금 지급 확인서 등 관련 근거 서류를 반드시 구비하여 회계 처리의 적정성을 입증해야 합니다.