직원이 지출한 병원비는 사업과 직접 관련이 없는 개인적인 지출로 보아 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 없습니다.
부가가치세 매입세액 공제는 사업자가 자기의 과세사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 세액에 한하여 적용됩니다. 직원의 병원비는 근로자의 개인적인 질병 치료를 위한 비용으로, 사업자가 부담하였다 하더라도 사업과 직접적인 관련이 없는 지출로 간주되어 「부가가치세법」 제39조제1항제4호에 따라 매입세액이 공제되지 않습니다.
참고로, 사업자가 부담한 직원 병원비는 법인세나 소득세 계산 시 복리후생비 등으로서 필요경비(손금)로 인정받을 수는 있으나, 부가가치세 매입세액 공제와는 별개의 문제이므로 혼동하지 않도록 주의하시기 바랍니다.