원천세 신고 시 대표의 자녀를 직원으로 등록하고 소득세를 원천징수하지 않았는데, 이 경우 연말정산 시 소득세가 한꺼번에 부과되나요?

대표자의 자녀를 직원으로 등록하고 매월 급여 지급 시 원천징수를 하지 않은 경우, 연말정산 시점에 해당 근로자의 연간 총급여에 대한 정확한 세액을 계산하여 정산하게 되며, 이 과정에서 원천징수하지 않았던 세액이 한꺼번에 추가 납부세액으로 발생할 수 있습니다.

원천징수의무자(회사)는 근로자에게 급여를 지급할 때마다 「근로소득 간이세액표」에 따라 소득세를 원천징수하여 다음 달 10일까지 납부해야 할 의무가 있습니다. 이를 이행하지 않고 연말정산 시점에 정산하는 것은 세법상 원칙적인 절차가 아니며, 다음과 같은 불이익이 발생할 수 있습니다.

• 납부지연가산세 부담: 매월 원천징수하여 납부했어야 할 세액을 제때 납부하지 않았으므로, 원천징수의무자는 미납세액에 대해 납부지연가산세를 추가로 부담해야 합니다.
• 원천징수 불이행에 따른 징수: 관할 세무서장은 원천징수의무자가 징수하여야 할 세액을 기한 내에 납부하지 않은 경우, 해당 세액에 가산세를 더한 금액을 원천징수의무자로부터 직접 징수할 수 있습니다.
• 연말정산의 한계: 연말정산은 이미 원천징수된 세액을 정산하는 절차이므로, 매월 원천징수 자체가 누락된 경우 연말정산만으로는 세금 납부 의무가 완전히 해소되지 않을 수 있으며, 세무서로부터 가산세가 포함된 세액을 고지받을 위험이 있습니다.

따라서 현재라도 누락된 원천징수 세액을 확인하여 즉시 납부하고, 원천징수이행상황신고서를 수정하거나 관할 세무서에 문의하여 가산세를 최소화하는 조치를 취하시는 것을 권장드립니다.