2025년 연말정산 시 직원의 종전 근무지 원천징수 내역이 누락된 경우, 원천징수이행상황신고서 등 어떤 서류를 어떻게 수정해야 하나요?

2025년 귀속 연말정산 시 종전 근무지의 원천징수 내역이 누락되었다면, 근로소득 지급명세서 수정 제출과 원천징수이행상황신고서 수정 신고를 통해 정산 내용을 바로잡아야 합니다.

1. 근로소득 지급명세서 수정 제출

이미 제출한 지급명세서에 누락된 종전 근무지 소득을 합산하여 다시 제출해야 합니다. 홈택스에서 [신청/제출] → [(근로·사업 등) 지급명세서] → [직접작성제출방식(수정)] 또는 [변환제출방식]을 선택하여 수정된 내역을 제출하십시오. 이때 종전 근무지에서 발급받은 '근로소득 원천징수영수증'과 '소득자별 근로소득 원천징수부'를 기초 자료로 활용해야 합니다.

2. 원천징수이행상황신고서 수정 신고

연말정산 결과가 반영된 2월 귀속분(3월 10일 납부) 원천징수이행상황신고서를 수정해야 합니다.

• 환급세액이 발생하는 경우: 수정 신고를 통해 환급세액이 증가하면, 해당 차액만큼을 다음 달 원천세 신고 시 '차월이월 환급세액'으로 조정하거나, 관할 세무서에 '원천징수세액 환급신청서'를 제출하여 직접 환급받을 수 있습니다.
• 추가 납부세액이 발생하는 경우: 수정 신고 후 발생하는 추가 납부세액과 그에 따른 가산세(납부지연가산세 등)를 함께 납부해야 합니다.

3. 주의사항 및 확인 항목

• 지방소득세: 원천세 수정 신고 시 지방소득세 특별징수분도 함께 수정 신고해야 합니다.
• 4대보험: 소득 총액이 변경됨에 따라 고용·산재보험 보수총액신고 정정이 필요할 수 있습니다. 실제 근로시간과 고용 형태에 따라 보험료 정산이 발생할 수 있으므로 근로복지공단 등을 통해 확인이 필요합니다.
• 근로자 안내: 수정된 원천징수영수증을 해당 근로자에게 재교부하여, 근로자가 5월 종합소득세 확정신고 시 혼란이 없도록 안내하시기 바랍니다.

이미 기한이 지난 후의 수정이므로, 원천세 신고서 수정 시 발생하는 차월이월 환급세액 변동 등을 꼼꼼히 체크하여 관련 신고서를 일관성 있게 정정하시기 바랍니다.