회사와 근로자 간의 합의나 착오로 과거 급여 차액을 뒤늦게 지급하는 경우, 지급 의무가 확정된 2026년의 근로소득으로 보아 원천징수해도 되나요?

과거 급여의 차액을 뒤늦게 지급하는 경우, 해당 소득의 귀속 시기는 원칙적으로 근로를 제공한 날이 속하는 과세기간이므로, 지급 의무가 확정된 2026년의 근로소득으로 보아 원천징수하는 것은 세법상 적절하지 않습니다.

근로소득의 수입 시기는 원칙적으로 근로를 제공한 날입니다. 따라서 노사 합의나 착오 등으로 인해 과거에 제공한 근로에 대한 급여 차액을 뒤늦게 지급하게 된 경우, 이는 해당 근로를 제공했던 과거 과세기간의 소득으로 보아야 합니다.

이에 따른 실무적인 처리 방법은 다음과 같습니다.

1. 귀속 시기: 급여 차액이 발생한 과거의 각 과세기간별로 소득을 귀속시켜야 합니다.
2. 원천징수 및 연말정산: 원천징수의무자는 추가 지급하는 시점에 과거 귀속 연도별로 근로소득세액 연말정산을 다시 수행해야 합니다. 즉, 2026년에 지급하더라도 2026년의 소득이 아닌, 과거 근로를 제공한 연도별로 소득을 재계산하여 정산하는 과정이 필요합니다.
3. 수정신고: 이미 제출한 지급명세서에 수정 사항이 발생한 것이므로, 수정된 근로소득 지급명세서를 작성하여 관할 세무서에 제출해야 합니다.

다만, 법원의 판결이나 화해 등에 의해 부당해고기간의 급여를 일시에 지급받는 등 특수한 경우에는 별도의 귀속 시기 특례가 적용될 수 있으나, 일반적인 합의나 착오에 의한 급여 차액 지급은 위와 같이 과거 귀속 연도별로 재정산하는 것이 원칙입니다. 세액의 과소 납부나 과다 납부 여부에 따라 수정신고 또는 경정청구를 통해 정산하시기 바랍니다.