재화나 용역을 공급받고 세금계산서 대신 계산서를 발급받은 경우, 해당 거래는 부가가치세가 면제되는 거래이므로 부가가치세 매입세액 공제 대상이 아닙니다.
부가가치세법상 매입세액 공제는 부가가치세가 과세되는 거래에서 적격증빙(세금계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증 등)을 수취한 경우에만 가능합니다. 계산서는 부가가치세가 면제되는 재화나 용역을 공급할 때 발급하는 증빙이므로, 이를 수취하더라도 부가가치세 신고 시 매입세액으로 공제받을 수 없습니다.
다만, 해당 지출은 사업과 직접 관련이 있는 비용이라면 종합소득세 신고 시 필요경비로 반영할 수 있습니다. 이때 계산서에 기재된 공급가액은 경비 처리의 근거가 되며, 부가가치세가 포함되지 않은 금액이므로 해당 금액 전체를 비용으로 계상하시면 됩니다.
참고로, 거래 건당 금액이 5만원을 초과하는 경우 적격증빙 수취 의무가 발생할 수 있으나, 1만원 미만의 소액 거래라면 증빙 수취 의무와 관련하여 상대적으로 부담이 적습니다. 하지만 사업 관련 지출임을 입증하기 위해 수취한 계산서를 잘 보관해 두시는 것이 좋습니다.