5월 31일 공급분 세금계산서를 착오로 이중발급하여 7월 9일에 마이너스 수정발급을 했는데, 부가세 신고 시 지연발급 가산세가 발생합니다. 이를 제외해도 문제가 없나요?

세금계산서 이중발급으로 인해 마이너스 수정세금계산서를 발급한 경우, 해당 수정발급 사유가 적법하다면 가산세 대상이 아니므로 부가가치세 신고 시 가산세를 제외하고 신고할 수 있습니다.

부가가치세법상 착오로 전자세금계산서를 이중으로 발급한 경우, 처음 발급한 세금계산서의 내용대로 음(-)의 표시를 하여 수정세금계산서를 발급할 수 있으며, 이 경우 가산세가 발생하지 않습니다. 귀하의 사례처럼 5월 31일 공급분에 대해 이중발급을 인지하고 7월 9일에 마이너스 수정세금계산서를 발급한 것은 적법한 수정발급 절차에 해당합니다.

다만, 프로그램에서 자동으로 가산세가 계산되는 것은 수정세금계산서 발급 시점이나 사유 선택이 시스템상 '지연발급' 등으로 분류되었기 때문일 가능성이 높습니다. 따라서 다음 사항을 확인하시기 바랍니다.

1. 수정발급 사유 확인: 수정세금계산서 발급 시 사유를 '착오에 의한 이중발급'으로 정확히 선택했는지 확인하십시오.
2. 가산세 제외: 적법한 수정발급 사유에 해당한다면 가산세는 부과되지 않으므로, 신고서 작성 시 가산세 항목을 수동으로 조정하여 제외하고 신고하시면 됩니다.
3. 주의사항: 만약 세무조사 통지나 과세자료 해명안내 통지 등 경정이 있을 것을 미리 알고 있는 상태에서 수정발급한 경우에는 수정발급이 제한될 수 있으니 이 점을 유의하시기 바랍니다.