출산휴가자의 대체근무자 급여도 비과세 혜택이 적용되는 것이 맞나요?

출산휴가자 대체인력에 대한 급여 자체가 비과세되는 것은 아니며, 근로자 본인 또는 배우자의 출산과 관련하여 지급받는 '출산지원금(출산수당)'이 비과세되는 것입니다.

질문하신 내용은 아마도 통합고용세액공제 제도와 관련하여 출산휴가자 대체인력 고용 시 상시근로자 수 계산 특례를 혼동하셨거나, 기업이 지급하는 출산지원금의 비과세 혜택을 의미하신 것으로 보입니다. 구체적인 내용은 다음과 같습니다.

1. 출산지원금(출산수당) 비과세: 근로자 본인 또는 배우자의 출산과 관련하여 출생일 이후 2년 이내에, 회사의 공통 지급규정에 따라 최대 2차례 지급받는 급여는 전액 비과세됩니다. 이는 대체인력의 급여와는 별개의 제도입니다.

2. 통합고용세액공제 상시근로자 수 계산 특례: 출산휴가자 등을 대체하기 위해 대체인력을 고용한 경우, 세액공제 적용을 위한 상시근로자 수 계산 시 출산휴가자와 대체인력을 각각 1명이 아닌 1명으로 합산하여 계산할 수 있습니다. 이는 세액공제 혜택을 받기 위한 계산 방식의 보완일 뿐, 대체인력의 급여를 비과세로 처리한다는 의미는 아닙니다.

따라서 대체인력에게 지급하는 급여는 원칙적으로 과세대상 근로소득에 해당하며, 회사는 이를 원천징수하고 지급명세서를 제출해야 합니다. 다만, 회사가 출산휴가자 대체인력을 고용하여 고용보험법상 '출산육아기 고용안정장려금(대체인력지원금)'을 지원받는 경우, 해당 지원금은 사업주의 노무비용 부담을 덜어주는 별도의 지원 제도입니다.