약국에서 건강기능식품을 판매할 때 부가가치세는 어떻게 적용되나요?

약국에서 건강기능식품을 판매하는 경우, 해당 재화는 부가가치세가 과세되는 품목에 해당하여 부가가치세가 부과됩니다.

부가가치세법상 면세되는 재화는 가공되지 아니한 식료품 등 법령에 열거된 품목으로 한정됩니다. 건강기능식품은 이러한 면세 대상에 포함되지 않으므로, 약국에서 이를 판매할 때는 공급가액의 10%에 해당하는 부가가치세를 거래징수하여 신고·납부해야 합니다.

따라서 약국은 의약품 조제용역 등 면세사업과 건강기능식품 판매 등 과세사업을 겸영하는 사업자로 분류됩니다. 이 경우 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 매입세액이 있다면, 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에 한하여 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 따라 안분 계산하여 면세사업 관련 매입세액을 공제받지 않아야 합니다.

참고로, 약국이 부가가치세 면세사업자로서 사업장현황신고를 하는 경우에도 과세사업(건강기능식품 판매 등)을 겸영하고 있다면 부가가치세 신고 시 면세수입금액을 함께 신고함으로써 사업장현황신고를 갈음할 수 있습니다.