법인이 원천징수세액을 납부하지 않았을 경우 세무조사 대상이 될 수 있나요?

원천징수의무자가 원천징수한 세액을 기한 내에 납부하지 않거나 과소납부하는 경우, 이는 납세협력의무를 이행하지 않은 것으로 간주되어 세무조사 대상자로 선정될 수 있습니다.

세무조사 대상자 선정은 정기조사와 비정기조사로 구분되는데, 원천징수 의무 불이행은 비정기 세무조사 선정 사유에 해당합니다. 구체적인 내용은 다음과 같습니다.

• 비정기 세무조사 선정 사유: 납세자가 세법에서 정하는 신고, 세금계산서 작성·교부·제출, 지급명세서 작성·제출 등 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우 세무조사 대상으로 선정될 수 있습니다. 원천징수세액의 납부 역시 이러한 납세협력의무에 포함됩니다.
• 가산세 부과: 세무조사 여부와 별개로, 원천징수의무자가 납부기한까지 세액을 납부하지 않거나 부족하게 납부하면 '원천징수 등 납부지연가산세'가 부과됩니다. 이는 미납세액의 3%와 미납일수에 따른 이자 상당액(1일 10만분의 22)을 합산하여 계산하며, 전체 가산세액은 미납세액의 50%를 한도로 합니다.
• 주의사항: 원천징수의무자가 세액을 납부하지 않았더라도, 소득의 귀속자가 해당 소득을 종합소득세 확정신고 시 기납부세액으로 공제받으려면 원천징수 사실이 객관적으로 확인되어야 합니다. 만약 원천징수세액이 납부되지 않아 과세관청이 원천징수의무자에게 고지결정을 하였음에도 납부가 이행되지 않는 경우, 소득 귀속자는 해당 세액을 기납부세액으로 공제받지 못할 수 있습니다.

세무조사는 정기적인 순환조사 외에도 거래 내용이 사실과 다르거나 탈루 혐의가 있는 경우 언제든 착수될 수 있으므로, 원천징수 의무를 성실히 이행하고 기한 내에 납부하는 것이 세무 리스크를 방지하는 가장 중요한 방법입니다.