사업자등록을 하지 않은 장소(창고 등)에서 사업상 거래가 이루어지거나 해당 장소가 사업장으로 인정됨에도 등록하지 않은 경우, 가산세 부과 및 매입세액 공제 불가 등의 불이익이 발생할 수 있습니다.
가산세 부과 사업자등록을 하지 않은 경우, 사업 개시일부터 등록을 신청한 날의 직전일까지의 공급가액(간이과세자는 공급대가)에 대하여 1%(간이과세자는 0.5%)의 미등록 가산세가 부과됩니다.
매입세액 공제 불가 사업자등록이 되지 않은 장소와 관련하여 세금계산서를 발급받더라도, 해당 장소가 사업장으로 등록되지 않아 사업과 직접 관련이 없는 지출로 간주되거나 세금계산서 수취 요건을 충족하지 못할 경우 매입세액 공제를 받을 수 없습니다. 특히 사업자등록 신청 전 지출한 비용이라도 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일이 지나서 등록을 신청하면 매입세액 공제가 불가능합니다.
세무조사 및 신고내용 확인 대상 선정 사업장 현황과 실제 사업 실태가 일치하지 않거나 사업자등록 없이 사업을 영위하는 사실이 확인될 경우, 국세청의 신고내용 확인 대상자로 선정될 수 있으며, 이에 불응하거나 허위 사실이 드러날 경우 세무조사 대상으로 선정될 위험이 있습니다.
참고로, 단순히 물품을 보관하거나 관리만 하는 장소로서 재화·용역의 공급이 없는 경우에는 사업장으로 등록할 의무가 없으나, 해당 장소에서 실제 판매 행위나 거래가 이루어진다면 반드시 사업장으로 등록해야 합니다.