근로소득과 사업소득이 모두 있는 경우, 연말정산과 부가가치세 신고는 각각 별개의 절차로 진행되며 세액의 환급이나 납부도 서로 연동되지 않습니다.
근로소득에 대해 회사에서 연말정산을 완료했더라도, 사업소득이 있다면 다음 해 5월에 근로소득과 사업소득을 합산하여 종합소득세 확정신고를 해야 합니다. 연말정산은 근로소득에 대한 세금을 정산하는 과정일 뿐이며, 사업소득이 합산되면 전체 소득세액이 달라지므로 5월 신고 시 최종적으로 세금을 다시 계산하여 추가 납부하거나 환급받게 됩니다.
부가가치세는 사업자가 재화나 용역을 공급할 때 발생하는 세금으로, 소득세(연말정산 및 종합소득세)와는 완전히 별개의 세목입니다. 사업자등록을 한 사업자라면 업종과 과세 유형에 따라 정해진 기한에 부가가치세 신고를 별도로 이행해야 합니다.
따라서 근로소득자는 연말정산으로 근로소득에 대한 정산을 마치고, 사업자로서 부가가치세 신고를 별도로 진행한 뒤, 5월 종합소득세 신고 기간에 모든 소득을 합산하여 최종적인 소득세 정산을 마무리해야 합니다.