위장가맹점과 거래하여 발급받은 신용카드 매출전표 등은 실제 재화나 용역을 공급한 자가 아닌 자로부터 발급받은 '사실과 다른 세금계산서'에 해당하므로, 원칙적으로 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 없습니다.
부가가치세법상 매입세액 공제는 실제 재화나 용역을 공급한 사업자로부터 적격증빙(세금계산서, 신용카드 매출전표 등)을 수취해야 가능합니다. 위장가맹점 거래는 실질적인 공급자와 증빙상의 명의자가 일치하지 않으므로, 과세관청은 이를 사실과 다른 증빙으로 보아 공제를 부인합니다.
다만, 예외적으로 다음과 같은 경우에는 매입세액 공제가 가능할 수 있습니다.
만약 위장가맹점 거래로 확인되어 매입세액 공제가 부인될 경우, 해당 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않으며, 기업업무추진비 등으로 지출한 경우 비용(손금)으로 인정받지 못할 수 있습니다. 또한, 사실과 다른 증빙을 수취한 것에 대해 가산세가 부과될 수 있으므로 주의가 필요합니다.