사업자단위과세 사업자는 부가가치세 신고 시 모든 사업장의 매출과 매입 내역을 본점 또는 주사무소에서 합산하여 신고해야 하므로, 온라인 판매 내역을 본점 매출로 일괄 반영하여 신고하는 것이 원칙입니다.
사업자단위과세제도는 2개 이상의 사업장이 있는 사업자가 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록한 경우, 사업자등록·세금계산서 발급·부가가치세 신고 및 납부 등의 납세의무를 본점에서 총괄하여 이행하는 제도입니다. 따라서 온라인 판매를 포함한 모든 사업장의 매출·매입 내역은 본점의 사업자등록번호를 기준으로 합산하여 신고해야 합니다.
다만, 신고 시에는 반드시 '사업자단위과세의 사업장별 부가가치세 과세표준 및 납부세액(환급세액) 신고명세서'를 작성하여 주사업장과 종사업장의 매출 및 매입 내역을 구분하여 제출해야 합니다. 이 명세서를 제출하지 않으면 신고 오류가 발생할 수 있으므로 주의하시기 바랍니다.