매출세금계산서에 상품대금과 운송비를 별도로 구분하여 기재하더라도, 해당 운송비가 귀사의 책임과 계산하에 상품 공급과 관련하여 발생한 비용이라면 상품매출과 동일하게 보아 '상품매출' 계정으로 처리하는 것이 타당합니다.
부가가치세법상 공급가액은 재화나 용역을 공급받는 자로부터 받는 대금, 요금, 수수료 등 명목 여하에 관계없이 실질적인 대가관계에 있는 모든 금전적 가치를 포함합니다. 따라서 귀사가 매출처에 상품을 공급하면서 운송비를 별도로 구분하여 청구하더라도, 이는 상품 공급에 부수되는 비용으로서 실질적인 대가관계에 있는 매출의 일부로 간주됩니다.
결론적으로, 귀사가 매출처로부터 받는 운송비는 상품 공급과 직접적인 대가관계에 있는 매출액의 일부이므로, 이를 상품매출 계정으로 처리하는 것은 세무상 문제가 없습니다.