원천징수의무자가 중소기업이고 실제 근무지가 대기업인 경우, 해당 근로자가 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면을 적용받을 수 있는지 여부는 근로계약의 주체인 원천징수의무자(고용주)가 「중소기업기본법」상 중소기업 요건을 충족하는지에 따라 결정됩니다.
중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 제도는 근로자가 소속된 기업(원천징수의무자)이 중소기업기본법에 따른 중소기업이며, 조세특례제한법 시행령에서 정하는 감면 대상 업종을 영위하는 경우에 적용됩니다. 따라서 실제 근무 장소가 대기업이라 하더라도, 근로계약을 체결하고 급여를 지급하며 원천징수를 이행하는 주체가 중소기업이라면 감면 요건을 검토할 수 있습니다.
다만, 다음의 사항을 반드시 확인해야 합니다.
만약 귀하의 사례가 대기업 소속으로 파견되어 근무하는 형태가 아니라, 중소기업에 직접 고용되어 대기업 사업장에서 파견 근무를 하는 형태라면 원천징수의무자인 중소기업을 기준으로 감면 적용 여부를 판단하게 됩니다. 구체적인 적용 가능 여부는 소속된 중소기업의 업종과 귀하의 근로계약 형태를 바탕으로 관할 세무서에 확인하시는 것을 권장드립니다.