홈택스에 등록되지 않은 매입 내역을 부가가치세 신고 시 매입세액에서 제외해도 되나요?

사업자등록을 하지 않은 상태에서 발생한 매입세액은 원칙적으로 매출세액에서 공제받을 수 없으므로, 부가가치세 신고 시 매입세액에서 제외하는 것이 맞습니다.

다만, 사업자등록을 하지 않았더라도 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 사업자등록을 신청하는 경우에는 예외적으로 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 매입세액은 공제받을 수 있습니다. 이 경우 반드시 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 세금계산서를 발급받아야 합니다.

따라서 현재 상황이 위 예외 요건에 해당하지 않는다면, 해당 매입세액은 공제 대상이 아니므로 신고서 작성 시 매입세액에서 제외하고 신고하셔야 합니다. 만약 공제 대상이 아님에도 불구하고 매입세액을 공제받아 신고할 경우, 추후 가산세가 부과되거나 경정청구 등의 불이익이 발생할 수 있으니 주의하시기 바랍니다.