영리기관이 위탁연구개발비를 지급받았을 때 세금계산서를 발행해야 하는지, 아니면 계산서를 발행해도 되는지 궁금합니다.

영리기관이 과학기술 및 산업디자인 분야의 연구개발용역을 위탁받아 수행하고 그 대가를 받는 경우, 해당 용역은 부가가치세가 과세되는 거래이므로 원칙적으로 세금계산서를 발급해야 합니다.

부가가치세법상 사업자가 과세사업을 영위하며 재화나 용역을 공급할 때는 세금계산서 발급이 의무입니다. 연구개발용역이 면세되는 학술연구용역(비영리법인 등이 수행하는 경우 등)에 해당하지 않는 일반적인 영리 목적의 연구개발용역이라면 부가가치세 과세 대상이 되며, 이 경우 계산서가 아닌 세금계산서를 발급해야 합니다.

주요 확인 사항은 다음과 같습니다.

1. 과세 여부 판단: 해당 연구개발용역이 부가가치세법상 면세되는 '학술연구용역'의 요건(비영리법인 등이 수행하는 등)을 충족하는지 확인해야 합니다. 면세 요건을 갖추지 못한 영리기관의 연구개발용역은 과세 대상입니다.
2. 세금계산서 발급 의무: 과세 대상 용역을 공급하는 사업자는 공급 시기에 맞춰 세금계산서를 발급해야 합니다. 만약 과세 대상임에도 계산서를 잘못 발급할 경우, 부가가치세법상 세금계산서 미발급 가산세 등이 적용될 수 있습니다.
3. 연구·인력개발비 세액공제: 위탁연구개발비를 지급하는 기업 입장에서 세액공제를 적용받기 위해서는 적격증빙(세금계산서 등)을 갖추는 것이 중요합니다. 영리기관이 수행하는 연구개발용역은 세법상 적정 시가 범위 내에서 거래되어야 하며, 실제 연구개발 수행 사실이 확인되어야 합니다.

따라서 귀하의 거래가 부가가치세 과세 대상인지 면세 대상인지 먼저 명확히 구분하시기 바라며, 과세 대상이라면 반드시 세금계산서를 발급하시기 바랍니다.