온라인 계약 체결 시 발생하는 인지세는 부가가치세 과세 대상이 아니므로 부가가치세 매입세액 공제나 환급을 받을 수 없습니다.
인지세는 재산권의 창설·이전·변경에 관한 계약서 등을 작성할 때 납부하는 세금으로, 부가가치세법상 재화나 용역의 공급에 따른 매입세액 공제 대상과는 별개의 세목입니다. 따라서 인지세 납부액은 부가가치세 신고 시 매출세액에서 공제되는 매입세액에 포함되지 않습니다.
다만, 인지세를 현금으로 납부한 후 해당 과세문서를 작성하지 않았거나 과오납한 경우에는 「인지세법」 제8조의3에 따라 관할 세무서장에게 별도의 '인지세 환급(공제)신청서'를 제출하여 인지세 자체를 환급받거나 납부할 인지세액에서 공제받을 수 있습니다. 이는 부가가치세 환급 절차와는 완전히 분리된 별도의 행정 절차입니다.