국고보조금을 받아 구입한 고정자산은 부가가치세 매입세액 불공제 대상인가요?

국고보조금을 재원으로 구입한 고정자산이라 하더라도, 해당 자산이 부가가치세 과세사업에 사용되는 경우에는 매입세액 공제를 받을 수 있습니다. 매입세액 공제 여부는 공급받은 재화나 용역이 사업을 위해 사용되었는지, 그리고 부가가치세법상 불공제 사유(면세사업 관련, 비영업용 소형승용차 등)에 해당하는지 여부로 판단하며, 대금 지급의 재원이 국고보조금인지 여부는 공제 여부에 영향을 미치지 않습니다.

다만, 다음의 경우에는 매입세액 공제가 제한됩니다.

• 면세사업 관련: 국고보조금을 재원으로 하더라도 해당 자산을 면세사업에 직접 사용하는 경우, 관련 매입세액은 공제되지 않습니다.
• 비과세사업 관련: 비과세사업을 위해 사용되는 재화나 용역에 대한 매입세액은 공제 대상이 아닙니다.
• 기타 불공제 사유: 개별소비세 과세대상 승용차 구입·유지비용, 사업과 직접 관련 없는 지출, 토지 조성 관련 자본적 지출 등 부가가치세법 제39조에서 정한 불공제 사유에 해당하면 공제받을 수 없습니다.

따라서 국고보조금으로 자산을 취득할 때 세금계산서를 적법하게 수취하였다면, 해당 자산이 과세사업에 사용되는지 여부를 먼저 확인하시기 바랍니다.