의제매입세액은 매출세액에서 공제하는 매입세액의 일종이므로, 납부세액이 0보다 작아 환급세액이 발생하는 경우에도 의제매입세액 공제액 자체가 0이 되지는 않습니다.
의제매입세액은 부가가치세가 면제되는 농·축·수·임산물을 원재료로 하여 과세되는 재화나 용역을 공급할 때, 해당 원재료 매입가액의 일정 비율을 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하는 제도입니다. 따라서 매출세액에서 공제대상 매입세액(의제매입세액 포함)을 차감한 결과가 음수라면, 이는 납부할 세액이 없다는 의미일 뿐이며 의제매입세액 공제액이 소멸하는 것은 아닙니다. 오히려 해당 공제액이 포함된 전체 매입세액이 매출세액을 초과하게 되어 환급세액이 발생하게 됩니다.
다만, 의제매입세액은 해당 과세기간에 공급한 과세표준에 따른 공제한도액 범위 내에서만 공제받을 수 있으므로, 한도를 초과하는 금액은 공제되지 않는다는 점에 유의하시기 바랍니다.