고유가피해지원금 등 국고보조금을 재원으로 하여 사업과 관련한 재화나 용역을 공급받고 적법한 세금계산서 등을 수취한 경우, 해당 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 있습니다.
부가가치세 매입세액 공제 여부는 해당 지출이 사업을 위하여 사용되었거나 사용할 목적인지, 그리고 매입세액 불공제 사유(면세사업 관련, 사업과 무관한 지출 등)에 해당하지 않는지를 기준으로 판단합니다. 따라서 보조금의 재원이 국고보조금인지 여부와는 무관하게, 과세사업을 위해 지출된 비용이라면 매입세액 공제가 가능합니다.
다만, 다음의 경우에는 매입세액 공제를 받을 수 없으니 주의하시기 바랍니다.
이미 공제받았거나 공제받을 예정인 매입세액을 보조금 정산 시 사업비에 포함하여 중복으로 지원받지 않도록 유의해야 하며, 보조금 교부기관의 지침에 따라 매입세액 환급분은 집행금액에서 제외해야 할 수도 있으므로 관련 정산 규정을 반드시 확인하시기 바랍니다.